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朱由檢以為他默認了，就命滿桂
去衣服顯示所受之傷，那意思是指責袁崇煥蓄意而為。
袁崇煥這才聲辯:“當時滿桂在城北
戰，臣在城南戰，互不相干。滿桂受傷，與我何干？”但現在問題已經不是滿桂的問題了，那只是個藉口，就算袁崇煥説關他
事，也不頂用。朱由檢大聲下令:“着錦衣衞拿擲殿下！”錦衣衞一擁而上，把袁崇煥的朝服去。
隨即他便被押解到西長安門外的錦衣衞大堂，投入了鎮撫司監獄。
朱由檢演了這麼一出，內外震驚。特別是當場的祖大壽，大為驚訝，以至於渾身戰慄，舉止失措。
在一旁的內閣大學士成基命細心地觀察到了祖大壽的“心悸狀”立即頓請求皇上慎重慎重再慎重，並且説，敵人還在城下，不能逮捕最高指揮官。（時皇太極主力已退，但遵化等重鎮仍在後金手中。）連周延儒也極力勸諫:“臨敵易將，兵家所忌。”朱由檢回答道:“勢已至此，不得不然。朕把遼東事務託付給袁崇煥，他身為督師，對於胡騎如此猖狂，事前一點都沒有預防，導致敵軍深入內地，雖然
夜兼程赴援，但坐誤戰機，功不抵罪，暫時革職，聽候審查。”袁崇煥玩完了，明眼人心裏早就清楚了，但是朱由檢這時逮他，時間不對，這是大部分大臣的看法。當然不能説出來，説出來就是質疑皇上的英明。
“平身吧。”朱由檢噓了一口氣，趙謙也噓了一口氣，今天好像不關自己的事。他心有餘悸地想:身居高位，壓力不小。
有些時候，朱由檢可以對袁崇煥很好，可以要什麼給什麼，可以把自己的衣服下來給他穿，而有些時候，比如現在，直接送大牢裏蹲着吧。
人本來就是變化中的事物，什麼一生一世，一萬年，海枯石爛，都是幻想中的自娛罷了。
周延儒身為內閣輔，穩定京師局勢的職責不容推卸，現在袁崇煥被逮，後果嚴重，周延儒這時立即奏道:“袁崇煥獲罪，各路勤王將領由誰來統領？請皇上示下。”朱由檢看了一眼一身是傷忠義可嘉的滿桂，説道:“提拔大同總兵滿桂總理軍務，節制各路勤王之師。”朱由檢一直惦記着怎麼
倒袁崇煥，此時心力憔悴，有欠深思，這樣幹無異於火上澆油，因為沒有考慮到遼東將領的逆反心態。
孫承宗立即道:“皇上，遵化等重鎮尚在東夷之手，遼東軍隊沒有了主帥，不是戰敗就是潰散。今的上策，只有釋放袁崇煥來維繫軍心，讓他立功自贖，又可以保存遼東的勁旅。”袁崇煥和孫承宗有師生之誼，朱由檢懷疑是孫承宗有私心，想為袁崇煥求情，遂沉
未答，況且他費了那麼大勁倒了袁崇煥，沒有再放他的道理。
朱由檢道:“此事下午再來冬暖閣商議。”下午時分，接到召見令的只有內閣大臣等重臣，趙謙等非權力中心的人自然去不了。
誰接任勤王軍主帥的問題，孫承宗提議袁崇煥復出，梁廷棟不以為然:“遼兵有祖大壽在，不至於潰散。”孫承宗説:“哪裏有鳥巢傾翻雛鳥可以保存的道理？祖大壽一介武夫，決不會屈從。”周延儒問道:“你擔心祖大壽會反叛？”孫承宗幹過遼東經略，對這些事太有經驗了，十分肯定地點了點頭。
周延儒再問:“幾天之內？”
“不出三天。”事態的展果然不出孫承宗所料，遼東將士平素對袁督師十分
恩戴德，祖大壽又與滿桂積怨甚深，袁督師被逮，要祖大壽聽滿桂節制，起遼兵不滿。祖大壽唯恐遭到連累，在十二月初四早晨，悍然率領遼兵東行，踏上回歸寧遠之路。
這一突事件引起朝廷的震驚，敵兵還未完全退去，一支最有戰鬥力的勁旅撤走，後果不堪設想。
朱由檢心力憔悴，一連幾個晚上都沒睡個安穩覺了，手下的帶兵將領在皇帝的聖旨面前，拍**走人。他憤怒的同時，心中隱藏着深深的無奈，朝廷武力疲憊，稍微能打的遼東鐵騎全是驕兵悍將，這些兵還是自己的嗎？
孫承宗見了皇帝説道:“祖大壽並沒有反朝廷之意，只是害怕由袁督師牽連到他們。要想召回祖大壽，非得有袁崇煥的手書不可。”朱由檢嘆了一口氣，説言之有理，看了一眼梁廷棟:“你等運籌何事？動輒張皇失措，事情既然可行，還不趕快去辦！”於是內閣六部一行高官趕忙來到監獄，對袁崇煥多方開導，袁崇煥執意不肯:“祖大壽之所以聽我的話，因為我是督師，如今已是罪人，哪裏還能得到他的信任？”孫承宗自然不信，心道你翅膀長硬了，在老子面前唬誰呢？
“你隻手擎遼，生死早已置之度外，天下之人莫不佩服你的忠義，諒解你的心情。作為臣子，只要有利於國家，不惜獻身。死於敵人與死於律法，究竟哪一個更值得呢？”袁崇煥這才欣然從命，當即給祖大壽寫了書信，言辭極其懇切，要他顧全大局。
朱由檢立即派專人拿着袁崇煥的書信去召回祖大壽。信使星夜疾馳，終於在距離錦州一路程的地方追上了祖大壽一行。祖大壽下馬捧讀袁督師的書信，泣不成聲，全軍上下一起痛哭。隨軍同行的祖大壽老母問明緣由，果斷地説:“走到今天這個地步，是因為失去了袁督師。幸好還沒有死，你何不立功為他贖罪，乞求皇上赦免。”將士們聽了踴躍歡呼，祖大壽這才下令退回北京。
朱由檢聞訊，大喜過望，頓時又閃現出重新起用袁崇煥統領遼兵的念頭，甚至還説:“守遼非蠻子不可！”事情似乎有了轉機。
大學士孫承宗也在從中斡旋，一方面希望皇上對祖大壽的行動予以諒解，另一方面送去一封密信，勸祖大壽趕快向皇上檢討，表示願意立功為袁督師贖罪。祖大壽終於取得了皇帝的諒解。