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大晉帝國在接下來的一段時間，從帝都洛陽到中原各地郡縣，主要
力都在清算世家地方。太子培育起來的新興學子和關中一些新興勢力各個全力以赴。因為這是他們難得的進入國家權力中心的機會，只有把那些倒黴蛋珠連的越多，他們的機會就越多。
這可是機不可失，時不再來啊！
在兗州、徐州、青州、司州、豫州等地，一個個世家大族被趕出世代居住的地方，一個個被牽扯到叛亂中的世家官員被罷官去職，趕出朝廷。
在朝廷大軍的壓力下，沒有哪一個世家敢反抗！因為反抗就意味著身死族滅，朝廷已經消滅了十幾個世家大族，其血腥手段讓世家們不寒而慄，興不起任何反抗的念頭。
僅僅是兗州一地，祖約就攻破了一百多個塢堡，解放庶民、佃戶數十萬人。在這場清算世家的
中，一部分不甘失敗的世家準備拋棄北方的家業躲到南方去。而南方的琅琊王、王敦他們為了增強江東的實力，他們趁機派出人員去遊說北方大族南渡。
當然也不是所有世家願意玉石俱焚，一些有眼光的世家在認清的現實之後，決定接受太子的條件，讓家族進行轉型。他們這些人主動
出大部分家產和全部佃戶以及部曲後，跑到洛陽當起了愚公。
而司馬遹為了保持帝國政權、經濟的基本穩定，司馬遹又讓太傅出面力保了少數‘開明’世家。只是將他們的家產、佃戶沒收入庫。同時司馬遹為了安
人心動盪的世家，又將那些識時務的世家子弟送到關中長安大學進行深造。
太子這一舉動才讓那些剛剛投靠過來的世家安心下來，這段時間世家大族看到那些出身新城大學、長安大學的學子們紛紛得到朝廷重用，要說不羨慕那是不可能。由於太子對世家子弟有偏見，除了極個別的人會得太子青眼外，其他人若想出人頭地就必須再回爐重練。
為彌補朝廷在戰爭中的損失，司馬遹讓戶部對一些重犯的抄家中全程介入，使得國庫增加了大筆銀子。對中原世家的抄家竟然讓朝廷收繳了近百億錢。這個數字遠遠超過了朝廷這次在戰爭中的損失。
戰後大清洗算是讓司馬遹的統治徹底在中原紮下
來，戰爭不但破壞了中原的經濟，也使得世家在這兒的影響力急劇下降。光是重新丈量的土地就多了數百萬頃。大批佃戶、奴隸被解放為自由民。成為擁有自己土地的自耕民。
這次的大清洗為整頓吏治創造了一個很好的契機，一直以來司馬遹都不滿朝廷機構效率低下，上次改革並不徹底，這次一個完整的帝國機構變動方案在朝會通過。
尤其是把原來少府中管理皇傢俬人稅收的相關職能部門併入戶部。減少了稅收機構的雙重設置。還集中了財力。還有一些局部的機構變動。
內閣次輔張賓這一段時間特別神。整天樂呵呵的。由他主導的帝國機構變動方案的通過，加上皇宮宦官的縮編，基本上實現了帝國官員人數減少三成的目標。原來認為很難的事情幾個月就解決了。讓這位太子心腹很有成就
。
在朝廷處理大戰之後的事宜時，南方的琅琊王也沒有閒置下來，他把王敦、王導、陸機、陸雲等人找來，商議大戰之後對江東的影響力。重點是商議如何引誘更多的北方世家南下！
秦以前南方的楚、吳、越都曾是大國，那個時期的南方並不比中原差。秦漢把都城定在長安和洛陽，一些大家族為了做官方便，紛紛把家北遷，造成了南方的實力大損，也越來越落後。
王敦看著眾人很強勢地說道:“這是我們的一次機會，如今北方世家正遭受太子殘酷的鎮壓，若是我們能伸出援助之手，絕對能動員大批豪族到我們江東來發展。尤其是大清洗中被罷了官的豪族，他們與其忍受別人的欺凌，還不如來我們江東。”
“大家別忘了，我們跟太子司馬遹之間是不共戴天的仇敵，兩方本沒有任何講和的可能。現在太子的注意力被北方的匈奴、鮮卑等胡族牽制著，還沒有力和實力南下，但是一旦太子騰出手來，到那時百萬大軍南下，我們拿什麼抵抗！”
“因此引誘北方世家南下，不但是為了挖太子的牆角，更重要的是加強我們本身的實力。等南方的開發有了進展，我們就有實力跟太子對抗。不知大家發現沒有，整個帝國的南方雨水充沛，然而由於缺乏勞力，導致土地卻開發不足。若是能借助北方世家南下的機會，讓南方土地得到開發，將來就是我們的糧倉。”王敦的話
起了在場眾人的豪氣，隨後王敦代表王家表示，他們王家願意帶頭去北方，並動員與王家關係密切的北方家族南下。
琅琊王最後表示，江東不會把那些北方大家族動員來了南方後就丟下他們不管了。琅琊王府將會把這當作一項大的發展戰略，不僅劃出土地讓他們復墾或開墾，還負責道路、灌溉總渠等基礎設施。這些土地誰開墾，誰擁有。開始兩年免田畝稅，以
引更多的家族南下！
王導也覺得這個辦法好，能夠見實效。要是大家族在南方開墾或復墾出大量的土地後沒有人耕種，甚至還可以組織北方
民南遷。王導還表示，他將親自去動員陳郡的世家南遷。